最新的第三代试管婴儿技术能够从胚胎阶段进行遗传基因缺陷筛查，避免遗传疾病患儿出生。
如果夫妇双方有携带遗传缺陷，那么试管里孕育的可能就是个带病的孩子。按照之前的技术手段，只能让女方先怀孕，在怀孕7~8周和4~6个月这两个阶段，分别抽取绒毛和羊水来检测胎儿是否健康，如果不健康则选择引产。这样会对女性造成很大的伤害，有的夫妇甚至经受过数次“忍痛割爱”，仍然怀不上健康的胎儿。
第三代技术则可以解决这个难题，以安徽省常见的血友病为例，女方如果携带血友病基因，其与正常男性所生子女中男性1/2为血友病患者，女性1/2为血友病基因携带者，同时后代子女各有1/2的几率为健康的孩子，借助第三代试管婴儿技术可以筛选出完全健康的胚胎移植，避免血友病患儿出生，而且阻断其致病基因的传递。
对需要经第三代试管婴儿解决遗传性疾病的夫妇， 通过试管婴儿技术，一次产生多个胚胎，增加获得正常胚胎的几率。
医务人员会在胚胎发育的第3~5天从每个胚胎中都挑出部分细胞来进行DNA检测，选出健康的胚胎，再移植到女性的体内。因此，第三代技术也叫做胚胎种植前遗传学诊断。
现在，由于晚婚晚育使大龄不育夫妇人数增多，而35岁以上的妇女出现卵子染色体异常率高，导致反复治疗失败，于是对高龄不育或反复试管婴儿治疗失败患者，第三代试管婴儿的应用正逐渐成为全世界关注的热点。