卵巢早衰的病因复杂，主要包括遗传学因素、免疫学因素、医源性因素及代谢、环境、感染等因素。
1、遗传学因素
部分患者有家族史。姐妹数人或祖孙三代可共同发病。家谱分析表明，卵巢早衰和早绝经有较高的家族遗传倾向。
2、免疫性因素
可合并其他内分泌腺体或系统的自身免疫性疾病，如自身免疫性甲状腺炎、系统性红斑狼疮、重症肌无力、甲状旁腺功能减退、类风湿性关节炎、特发性血小板减少性紫癜、糖尿病等。
3、促性腺激素受体异常
促性腺激素FSH、LH及其受体（FSHR、LHR）的缺陷可引起POF。FSHR与LHR在卵泡发育过程中起关键的作用。
4、酶的缺陷及异常
常伴有高半乳糖血症,机理是调节半乳糖代谢的基因突变引起红细胞内半乳糖磷酸尿嘧啶转移酶缺陷，使红细胞内半乳糖浓度>0.9nmol/L。
5、医源性因素
卵巢周围组织手术可能损伤卵巢血液供应，可能引起卵巢早衰的手术有子宫切除、输卵管结扎或切除、子宫内膜异位症的保守或半根治手术、输尿管盆腔段手术、卵巢肿瘤剥出术或一侧卵巢切除术等。
6、高危因素
饮食、生活习惯与卵巢早衰。新鲜蔬菜和水果由于富含木质素而具有抗卵巢早衰作用。吸烟、饮酒、失眠是卵巢早衰发生的危险因素。吸烟的女性比不吸烟的女性更易发生卵巢早衰。