胚胎移植是试管婴儿中最后也是最重要的步骤，是影响试管婴儿成功率的重要因素。正常生理情况下，胚胎将在排卵后4-5天发育成桑椹胚至囊胚阶段时进入子宫，但在试管婴儿中，由于培养条件的限制，移植胚胎的时间差异很大，大多在卵裂期进行胚胎移植，但近年来随着囊胚体外培养体系逐渐优化，有越来越多的中心在体外把胚胎培养至囊胚阶段再进行移植，那么到底是移植D3胚胎好还是移植D5胚胎好呢?
首先第3天的胚胎体外培养的时间短，可以获得较多的优质胚胎，但对胚胎的选择程度有限，胚胎的形态学不一定反应胚胎的活力，而且与正常生理情况下相比胚胎过早的进入子宫腔，与子宫内膜的发育不同步，胚胎着床之前在宫腔里悬浮一段时间，因此需要选择2个胚胎进行移植增加了多胎妊娠的风险。
继续培养至第5天增加了一次优选过程，延长的囊胚培养导致部分染色体异常且质量差的胚胎在体外发生了自然淘汰，对于本身胚胎数量少的患者来说延长培养就会有无可利用胚胎的风险，而对于获得较多胚胎的患者来说则是优中选优，并且提高了胚胎-子宫内膜同步性，更符合生理性着床过程；移植的时间处于黄体中期，此时女性生殖道宫颈粘液少，有利于移植的操作，且子宫收缩明显减少，大大减少了胚胎被排出体外的机会；囊胚期胚胎较卵裂期胚胎体积更大，较难向输卵管移动，可降低异位妊娠发生率；由于提高了着床率，使得单囊胚移植成为可能，因此可避免移植多个胚胎造成多胎妊娠的风险。
综上可知不同时期的胚胎移植各有优缺点，到底是移植第3天的胚胎还是第5天的囊胚应该因人而异，医生会根据患者自身的情况包括子宫内膜、激素水平等以及胚胎数量、发育情况等综合评估。